熒光染料的亮度可以用來比較不同熒光染料的熒光標(biāo)記效果，通過陰性細胞群與陽性細胞群的熒光信號之間的關(guān)系來表示。但陰性細胞群的熒光信號受到信號強度、自發(fā)熒光、非特異性染色、儀器的電子噪聲等多個因素相關(guān)。

熒光染料染色指數(shù)是陽性細胞群的平均熒光強度與陰性細胞群的平均熒光強度之差與陰性細胞群熒光強度標(biāo)準(zhǔn)差之間比值的一半。熒光染料染色系數(shù)只和抗體克隆與質(zhì)量、熒光團純度與質(zhì)量、熒光修飾比、激光線及其功率、長通和帶通濾光片、目的細胞等因素相關(guān)。

    熒光染料的染色指數(shù)與熒光染料的亮度呈正相關(guān)，也就是熒光染料亮度越高，染色系數(shù)也就高。按染料性質(zhì)及應(yīng)用方法分 

不溶性偶氮染料 活性染料 還原染料 可溶性還原染料 硫化染料 硫化還原染料 酞菁染料 氧化染料 縮聚染料 分散染料 酸性染料 酸性媒介及酸性含媒染料 堿性

活性染料：又稱反應(yīng)性染料。這類染料是50年代才發(fā)展起來的新型染料。它的分子結(jié)構(gòu)中含有一個或一個以上的活性基團，在適當(dāng)條件下，能夠與纖維發(fā)生化學(xué)反應(yīng)，形成共價鍵結(jié)合。它可以用于棉、麻、絲、毛、粘纖、錦綸、維綸等多種紡織品的染色。

硫化染料：這類染料大部分不溶于水和有機溶劑，但能溶解在硫化堿溶液中，溶解后可以直接染著纖維。但也因染液堿性太強，不適宜于染蛋白質(zhì)纖維。這類染料色譜較齊，價格低廉，色牢度較好，但色光不鮮艷。

分散染料：這類染料在水中溶解度很低，顆粒很細，在染液中呈分散體，屬于非離子型染料，主要用于滌綸的染色，其染色牢度較高。

酸性染料：這類染料具有水溶性，大都含有磺酸基、羧基等水溶性基因�？稍谒嵝浴⑷跛嵝曰蛑行越橘|(zhì)中直接上染蛋白質(zhì)纖維，但濕處理牢度較差。