微波能量的熱效應：在一定強度的微波場作用下，食物中的昆蟲和細菌會吸收微波能量并由于分子極化而變熱，從而使其蛋白質退化并失去其海洋生物活性。微波的熱效應主要用以迅速加熱和殺菌。
微波能量的非熱效應：高頻電場還會變動膜電位和極性分子構造，使微生物中的蛋白質和生理活性物質時有發(fā)生突變并喪失活力或死亡，它起著特別的作用。常規(guī)物理滅菌所從未的滅菌方法，也是細菌死亡的緣故之一。
微波殺菌和保留是微波熱效應和非熱效應相結合的結果，因此，微波殺菌的溫度小于常規(guī)方法。一般而言，常規(guī)方法的滅菌溫度為120℃至130℃，時間約為1小時，而微波滅菌溫度僅為70℃至105℃，時間約為90至180秒。