企業(yè)設立與基礎條件確認：

成立獨立企業(yè)法人，確保企業(yè)具有完善的組織機構(gòu)和章程； 擁有良好的社會信譽，注冊資本符合當時政策要求（比如不同時間段內(nèi)可能是100萬元或300萬元人民幣及以上）； 辦理相關的工商注冊手續(xù)，取得合法有效的營業(yè)執(zhí)照。

人員配置：

按照的乙級資質(zhì)標準，配備足夠數(shù)量且符合資質(zhì)要求的專業(yè)技術人員，包括但不限于結(jié)構(gòu)、電力、經(jīng)濟與概預算、農(nóng)村能源工程、土地利用規(guī)劃、農(nóng)田水利、水土保持、農(nóng)學等相關專業(yè)的工程師和技術人員； 確保這些人員具有相應的職業(yè)資格證書、學歷背景和工作經(jīng)驗，并且達到資質(zhì)標準中對各專業(yè)技術人員的工作年限和主持項目的要求。

技術與設備配置：

配備必要的辦公設施、軟件以及用于農(nóng)業(yè)綜合生態(tài)工程設計的相關技術裝備； 建立健全的質(zhì)量管理體系、安全生產(chǎn)管理體系、環(huán)境管理體系等，并形成相應的管理文件和規(guī)章制度。

資料準備與申報：

收集整理企業(yè)的基本信息、股東信息、公司章程、財務審計報告、人員名單及各類證書復印件、已完成項目的業(yè)績證明等申報材料； 如有必要，購買指定的管理系統(tǒng)，完成相關信息填報和上傳； 向所在地省級或市級建設行政主管部門提交資質(zhì)申請，并支付相關費用。

資質(zhì)審核與審批：

接受相關部門的審核，包括書面材料審查和實地考察； 審核通過后，主管部門會頒發(fā)農(nóng)業(yè)綜合開發(fā)生態(tài)工程乙級設計資質(zhì)證書。

后續(xù)維護：

資質(zhì)取得后，企業(yè)需按要求進行年度檢查、信息變更申報等維護工作； 隨著業(yè)務發(fā)展，不斷提升技術和管理水平，以便未來能夠順利進行資質(zhì)升級。

鑒于政策和標準可能隨時間和地區(qū)有所不同，請務必參考的國家和地方部門發(fā)布的相關政策法規(guī)及辦事指南進行操作。同時，建議企業(yè)在申請過程中尋求專業(yè)咨詢服務，以確保申請流程的合規(guī)性和成功率。